Su historia comenzó en terrenos cedidos por Mercedes Sierra de Pérez, quien le dejó a la Sociedad de Mejoras Públicas de Medellín, la Hacienda Santa Fe.
El 11 de marzo de 1960 abrió sus puertas al público.
Martejas, saimiríes, micos maiceros, dantas, caimanes y tortugas fueron algunas de las primeras especies que llegaron para ser cuidadas en este espacio.
Desde entonces es un centro educativo, recreativo y científico que abre sus puertas para promover la conservación de la fauna e incentivar el respeto por los animales y por los ecosistemas que habitan.
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Los diversos programas de conservación del Zoológico Santa Fe se financian, en gran parte, con recursos propios generados por las actividades del Parque Zoológico Santa Fe. Además, cuenta con el apoyo de entidades públicas y privadas como Corantioquia, Área Metropolitana del Valle de Aburrá, CIFFA, Wild Protection Foundation y South Lakes Wild Animal Park con las cuales se tienen convenios y se desarrollan trabajos conjuntos
Parque Zoológico Santa Fe.